Η Μαγνητική Φασματοσκοπία (MR Spectroscopy), επίσης είναι μια σύγχρονη μέθοδος για την εκτίμηση των μεταβολικής δραστηριότητας του εγκεφάλου επιτρέποντας τον χαρακτηρισμό παθολογικών εστιών (όγκων, απομυελινωτικών εστιών, φλεγμονών και άλλων παθήσεων).